Взаимодействие Центра СПИДа и учреждений системы Федеральной службы исполнения наказаний (ФСИН) Московской области и России осуществляется с целью своевременной постановки на диспансерный учет лиц, освободившихся из мест лишения свободы, и сохранения преемственности при наблюдении пациентов с ВИЧ-инфекцией.
Лечение ВИЧ-инфицированных, находящихся в системе ФСИН, обеспечивается антиретровирусными препаратами, которые закупаются учреждениями системы ФСИН за счет средств федерального бюджета.
В 2015 году из учреждений ФСИН передана информация о 102 ВИЧ-положительных пациентах, освободившихся из мест лишения свободы. Все они встали на диспансерный учет в Центре СПИДа.
Так же, осуществляется взаимодействие с ФКУ «Уголовно-исполнительная инспекция», под контролем которой в 57 городах Московской области состоят на учете порядка 30 тысяч лиц, осужденных без изоляции от общества.