Софья умерла, не дожив до 37 лет, от двусторонней пневмонии на фоне СПИДа. Мясковская запомнилась прежде всего в связи со смертью двух ее сыновей – у обоих мальчиков была диагностирована ВИЧ-инфекция. Однако лечить антиретровирусными препаратами она их отказывалась. «Диссидентка» выступала как против наличия самого факта ВИЧ-инфекции, так и против антиретровирусных препаратов, считая их «убивающей ядотерапией».
Назначенную врачами детской больницы ее старшему сыну Матвею АРВТ в те периоды, когда мальчик попадал туда с инфекционными осложнениями на фоне СПИДа, мать после выписки отменяла.