В настоящее время тесты на устойчивость к препаратам для лечения ВИЧ проводятся с помощью секвенирования сегментов генов (метод Сэнгера), кодирующего различные белки-мишени для лекарств. Ученые из Центра клинических исследований в Японии разработали новый, более эффективный метод на основе секвенирования нанопор.
Нанопоровое секвенирование — это уникальная технология, позволяющая проводить прямой анализ длинных фрагментов ДНК или РНК в режиме реального времени. Она основана на изменении электрического тока в момент прохождения нуклеиновых кислот через белковые нанопоры.
«Мы разработали новый способ для отслеживания мутаций лекарственной устойчивости ВИЧ, используя нанопоровое секвенирование вирусных пангеномов, амплифицированных с помощью ПЦР», — говорят исследователи.
Эксперты провели ряд контрольных тестов, чтобы опробовать новую методику. Результаты показали: она точна на 99,9%.
Кроме этого, проверочные испытания на 106 клинических образцах показали более высокие результаты, чем при использовании секвенирования по Сэнгеру: соответствие генотипов лекарственной устойчивости — 92,5%.
«Наш новый подход станет мощным решением для комплексного исследования мутаций лекарственной устойчивости ВИЧ-1 в клинических условиях», — заключили эксперты.
Недавно ВОЗ заявила о росте устойчивости ВИЧ к лекарственным препаратам. По мнению экспертов, она вызвана изменениями в генетической структуре вируса, которые влияют на способность препаратов блокировать его репликацию. По прогнозам ученых, это коснется даже новых антиретровирусных лекарств. Резистентность в конечном итоге приведет к частичной или полной утрате активности АРТ.